Yukimura Chizuru est la fille d'un docteur qui travaille à Edo, Yukimura Kōdō. Un jour, le père part d'Edo, sans sa fille, afin de travailler en tant que médecin volontaire à Kyoto. N'ayant plus de nouvelles depuis un mois, elle décide de se déguiser en garçon et d'aller à Kyoto. La-bas, pendant la nuit, elle se fait attaquer par des voleurs, ensuite tués par d'étranges guerriers aux cheveux blancs et aux yeux rouges portant les couleurs du Shinsengumi, les Rasetsu (démons sanguinaires originaires du folklore indien). Ceux-ci, devenu fous, attaquent Chizuru, mais elle est sauvée par trois samouraïs appartenant au Shinsengumi, une force de police spéciale composée de rônin et de samouraïs de faible rang social, mais tous jeunes idéalistes et guerriers talentueux ; ils sont chargés par le seigneur d'Aizu et l'Empereur de patrouiller dans les rues de la capitale pour protéger la population des troubles causés par les samouraïs du fief de Choshu et les bandits qui abondent dans les rues.

Alors qu’il sèche les cours, Takashi assiste, impuissant, à l’invasion de son lycée par ce qui semble être des morts-vivants. Réussissant à former un petit groupe de survivants, incluant Reï, son amie d’enfance, il tente d’échapper à la contamination, mais se rend vite compte que le monde entier est touché. Commence alors une longue bataille pour sa survie et celle de ses nouveaux camarades dans une ville de Tôkyô infestée de zombies.

Le jeune Hikaru découvre un jour dans le grenier de son grand-père un goban (plateau de jeu de go). L'objet se révèle hanté par un fantôme nommé Saï, ancien professeur de go de l'empereur sous l'ère Heian. Saï se retrouve piégé dans l'esprit d'Hikaru et lui donne peu à peu le goût du go. Se laissant guider dans ses débuts par Saï, Hikaru rencontre et vainc Akira, un jeune prodige. Dès lors, les deux jeunes garçons ne vont cesser de progresser et de se poursuivre. Cette série introduit de manière ludique et souvent dramatique les règles de base et de nombreux aspects de la culture du go (technique, stratégie, esthétique, éthique, histoire) au sein d'un shōnen. Le succès du manga comme de l'anime a d'ailleurs suscité un net regain d'intérêt pour le go chez les jeunes Japonais, puis dans le reste du monde suivant la diffusion de la série.