L'histoire est centrée sur Light Yagami (Raito Yagami dans la version originale), un lycéen qui découvre un cahier aux pouvoirs surnaturels, le « Death Note ». Ancienne propriété d'un dieu de la mort, le Death Note permet à son utilisateur de tuer toute personne dont il connaît le nom et le visage. Le scénario suit les efforts de Light pour créer un monde utopique débarrassé du mal grâce au Death Note, ainsi que les conflits entre lui et ses opposants. Au fur et à mesure du manga on peut s’apercevoir que Light commence à devenir de plus en plus extrême ...

20 ans avant le commencement de l'histoire, une météorite se dirigeant vers la Terre anéanti Pluton. Pluton détruite, la météorite, qui se nomme Thanatos, est restée temporairement stagnante et menace la Terre. Pour éviter une imminente destruction de la planète, l'ISDA travaille actuellement sur le Projet-D et a secrètement créé une arme, le Dragonaut, après avoir trouvé un œuf de dragon dans l'océan. Cependant, l'organisation s'aperçoit que la météorite n'est pas la seule menace, car de puissants dragons venant de Thanatos arrivent sur la Terre. Après avoir été témoin de d'un combat et de la mort d'une de ces créatures, Jin Kamishina, un garçon de 18 ans solitaire et orphelin, est choisi pour devenir un pilote de Dragonaut. Toa, une fille mystérieuse qui l'a sauvé d'une chute mortelle lors de l'attaque du dragon, l'aide dans son périple, . Au fil de leurs découvertes, ils rencontrent de nouveaux amis et de nouveaux ennemis, et développent une relation très proche...